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Defense in english
Thesis Supervisor : Valentin Nägerl (IINS)
Titre
Investigating the structure and function of brain extracellular space using super-resolution microscopy (Étude de la structure et de la fonction de l’espace extracellulaire cérébral à l’aide de la microscopie de super-résolution)
Abstract
Every cell in the brain is embedded in a fluid called the extracellular space (ECS). Its structural complexity with intercellular gaps as narrow as ten nanometers, presents a challenge of visualizing the ECS in living brain tissue. Our recently established SUSHI technique overpasses this issue enabling to image the ECS with a nanoscale resolution. During my PhD training, I unveiled new structural information about ECS, as well as characterized novel tools to study it. My PhD work was divided into three projects, all aiming at investigating the structure and function of brain ECS.
(1) Using the SUSHI approach, I studied the heterogeneity of ECS structure across hippocampal layers, which are known to have a very distinct cellular organization. My results show that ECS varies in volume and width across hippocampus, raising a question whether region-based differences in ECS structure in the hippocampus could support the unique anatomical as well as functional properties of each layer.
(2) Chemical fixation leads to drastic shrinkage of ECS, yet it was only investigated in a context of electron microscopy. With help of SUSHI, I performed a systematic analysis of the impact of chemical fixation on brain tissue morphology. The results revealed only minor structural alteration, meaning that chemical fixation alone is not the reason for such dramatic effects.
(3) Studying calcium signals in the ECS was a challenge since all available biosensors were not designed to measure ion concentrations with a millimolar affinity. Here, I characterized a novel tool, GreenT, to capture extracellular calcium dynamics. By imaging GreenT signals during electrophysiological stimulations, I was able to measure calcium fluctuations in the ECS upon neuronal activation. This is the beginning of applying this tool for physiology studies aiming at understanding the role of extracellular calcium.
Keywords: super-resolution STED microscopy, SUSHI, ECS, chemical fixation, extracellular calcium, GreenT
Abstract and key words
Les cellules cérébrales baignent dans un fluide appelé espace extracellulaire (ECS). Sa complexité structurelle et sa géométrie, avec des espaces intercellulaires de l’ordre de quelques dizaines de nanomètres, présentent un défi pour visualiser et étudier l’ECS dans le tissu cérébral vivant. Notre technique SUSHI récemment établie permet de surmonter ce problème et d’imager cet espace avec une résolution nanométrique. Au cours de ma formation doctorale, j’ai caractérisé des outils innovant pour étudier l’ECS, ce qui m’a permis de révéler de nouvelles informations structurelles. Mon travail de doctorat a été divisé en trois projets, tous visant à étudier la structure et la fonction de l’ECS cérébral.
(1) En utilisant l’approche SUSHI, j’ai étudié l’hétérogénéité de la structure de l’ECS à travers les couches de l’hippocampe, qui sont connues pour avoir une organisation cellulaire très spécifique. L’objectif de ce projet était d’aider à comprendre la nature hétérogène de la morphologie ECS. En effet, j’ai découvert que l’ECS varie en volume et en largeur à travers l’hippocampe. Cela pourrait à son tour conduire à rechercher si les différences régionales dans la structure ECS dans l’hippocampe pourraient soutenir les propriétés anatomiques et fonctionnelles uniques de chaque couche.
(2) La fixation chimique conduit à un rétrécissement drastique de l’ECS, mais elle n’a été étudiée que dans le cadre de la microscopie électronique et à grande échelle. Avec l’aide de SUSHI, j’ai effectué une analyse systématique de l’impact de la fixation chimique sur la morphologie des tissus cérébraux. Les résultats ont révélé que la fixation chimique seule n’est pas la raison de ces effets dramatiques, vus par d’autres, car nous n’avons observé que des altérations structurelles mineures.
(3) L’étude des signaux calciques dans l’ECS était autrefois un défi car tous les biocapteurs disponibles n’étaient pas conçus pour mesurer les concentrations d’ions avec une affinité milli-molaire. Ce projet visait à caractériser un nouvel outil, GreenT, permettant de capter la dynamique du calcium extracellulaire. J’ai testé avec succès ce capteur et en imageant ses signaux tout en mesurant l’activité électrophysiologique, j’ai pu détecter les fluctuations du calcium dans l’ECS lors de stimulation neuronale.
Mots clés: microscopie STED super-résolution, SUSHI, ECS, fixation chimique, calcium extracellulaire, GreenT
Publications
Dembitskaya Y, Boyce A, Idziak A, (…), Nägerl V.U. Shadow imaging as a versatile method for panoptic visualization of living brain tissue. In preparation.
Grassi D, Idziak A, Lee A, Calaresu I, Sibarita JB, Cognet L, Nägerl V.U., Groc L. Nanoscale and functional heterogeneity of the hippocampal extracellular space. Under revision.
Idziak A, Inavalli Krishna VVG, Bancelin S, Arizono M, Nägerl V.U. Super-resolution analysis of the effects of chemical fixation on the cellular microarchitechture of organotypic mouse brain slices. In preparation.
Arizono M, Idziak A, Quici F, Nägerl V.U. Getting sharper: the brain under the spotlight of super-resolution microscopy (2022). Trends in Cell Biology. 1851:1-14.
Arizono M, (…), Idziak A, (…), Nägerl V.U. Nanoscale imaging of the functional anatomy of the brain (2021). De Gruyter. https://doi.org/10.1515/nf-2021-0004.
Arizono M, Idziak A, Nägerl V.U. Il faut être trois pour danser le tango Illuminer les signaux Ca2+ des synapses tripartites (2021). Med Sci. 37: 127–129.
Antoniou A, Khudayberdiev S, Idziak A, Jacob R, Bicker S, Schratt G. The dynamic membrane recruitment of miRNA processing complexes in neurons controls dendritogenesis (2017). EMBO Reports. e44853.
Jury
MARSICANO Giovanni, directeur de Recherche, INSERM (president)
TØNNESEN Jan, Associate Professor, Achurraco Bilbao (reviewer)
IMIG Cordelia, Associate Professor, University of Copenhagen (reviewer)
HRABĚTOVÁ Sabina, Associate Professor, SUNY, (examiner)