Entretien : Yann Rufin

La plateforme BioProt (Biochimie et Biophysique des Protéines) est la seule sous la tutelle du département Bordeaux Neurocampus. Labellisée « Plateforme de recherche de l’université de Bordeaux », elle est située dans les locaux du Neurocentre Magendie. Nous avons rencontré Yann Rufin, ingénieur d’études sur la plateforme depuis 2018.

Bordeaux Neurocampus : Pouvez-vous nous présenter la plateforme ?

Yann Rufin : La plateforme BioProt regroupe un ensemble d’équipements essentiels pour la caractérisation biochimique et biophysique des protéines. Elle est spécialisée dans la production et purification des protéines et l’analyse d’interactions biomoléculaires. Elle propose différents services dans ces domaines, en plus d’une assistance et de conseils pour la mise en place et l’optimisation de protocoles.

La plateforme met aussi à disposition des utilisateurs du matériel très performant en termes de préparation d’échantillons, d’analyse et de détection. Pour cela, nous possédons des équipements regroupés en quatre catégories : production et purification, centrifugeuses, techniques d’analyse et interactions biomoléculaires.

Si besoin, nous pouvons aussi par exemple conseiller et intervenir dans l’achat des consommables que l’on trouve sur la plateforme (anticorps fluorescents, tubes de centrifugation, cartes pour direct-detect…).

Y a-t-il des nouveautés à prévoir ?

Oui, nous allons faire l’acquisition d’un ÄKTA PURE 25L en partie financé par le LabEx BRAIN, qui permettra d’élargir la gamme de nos prestations et d’offrir une meilleure qualité de service !

J’aimerais aussi développer l’utilisation du logiciel IPA (Ingenuity Pathway Analysis), que nous possédons sur la plateforme et qui, comme tout service, est sujet à réservation, formation et location. C’est une application qui permet notamment les recherches d’interactions protéiques issues de banques de données bibliographiques.

Vous vous adressez indifféremment à un public interne et externe ?

En effet ! Bien sûr notre public majoritaire reste le personnel de Bordeaux Neurocampus mais tout laboratoire public ou toute entreprise privée peut faire appel à nos services. Cependant, l’utilisation des instruments nécessite une formation préalable !

Nous sommes ouverts à tous les besoins, qu’ils soient réguliers ou occasionnels : injections de protéines, sédimentation… Nous dépassons d’ailleurs le domaine de la biologie avec par exemple de l’analyse de sédimentation de nano-particules.

Nos tarifs restent très compétitifs et avantageux pour nos différents publics. Qu’ils n’hésitent pas à se renseigner, car nous pouvons accueillir de nouveaux utilisateurs !

Quelles sont les étapes pour faire réaliser une prestation par la plateforme ?

Je dirais que c’est assez simple et classique : la personne contacte l’un d’entre nous, en précisant ses besoins et nous lui adressons un devis qui a été validé par les responsables de la plateforme. Si le client est d’accord, nous définissons avec lui le calendrier de réalisation de la prestation.

Une fois la prestation établie, le client récupère ses échantillons, les données brutes et le rapport d’analyse, dans lequel nous fournissons toutes les informations nécessaires : protocole suivi, rapports de purifications, chromatogrammes, conclusion… Nous garantissons également la confidentialité des résultats.

Le paiement peut se faire de manière annualisée, ou bien à chaque prestation, c’est au choix.

Parlons un peu de vous : quelles sont vos missions sur la plateforme ?

Je suis en charge de toutes les prestations décrites précédemment : formation, accompagnement des utilisateurs pour la mise au point de leur protocole, analyses, suivi, conseil… et aussi, selon les cas, maintenance et entretien des appareils. Côté conseil, en cas de problèmes ou de questions particulières, cela peut être simplement renvoyer vers les fabricants. C’est très complet, j’aime beaucoup ce travail.

Nous sommes une petite équipe : Nathalie Sans est responsable de la plateforme et Mathieu Sainlos est co-responsable. Comme nous sommes une plateforme du département, c’est Jennifer Annette, la gestionnaire de Bordeaux Neurocampus, qui m’accompagne sur les commandes et tout l’aspect administratif.

Terminons par votre parcours, pour renseigner celles et ceux qui veulent travailler dans ce domaine. Quelle formation vous a permis d’intégrer ce poste ?

J’ai un baccalauréat STL, qui m’a vraiment fait aimer la biochimie et la chimie organique. J’ai ensuite fait une première année de médecine, qui a était l’opportunité de découvrir l’aspect médical et surtout d’aller vers la biologie.

J’ai donc bifurqué vers une licence biochimie et biotechnologie pour ensuite passer un M2 en biologie structurale et fonctionnelle à Toulouse. C’était un M2 Recherche qui permettait de voir l’ensemble des techniques de biophysique et biochimie pour caractériser une protéine. Durant mon stage de M2 j’ai appris à mettre en pratique mes connaissances théoriques de la purification des protéines tout en apprenant les techniques de cristallisation des protéines.

Cependant, j’ai choisi de ne pas faire de thèse car le travail d’ingénieur d’études me correspond mieux. Avant d’être sur la plateforme, j’ai travaillé, déjà comme ingénieur d’études, dans une équipe de biochimie et biophysique structurale à l’Institut Curie, à Paris. C’est là que j’ai vraiment amélioré mes compétences en cristallographie des protéines, production, purifications…

En savoir plus

A propos de la plateforme BioProt : www.u-bordeaux.fr

Contacts : https://neurocentre-magendie.fr/services/techniques/biochimie/infos.php

Profil de Yann Rufin : https://www.linkedin.com/in/yann-rufin-a15a77a7/