Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques

Nicolas Rougier, de l’IMN, et d’autres chercheurs (Loïc Desquilbet, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot), viennent de publier un livre sur la recherche reproductible lors d’un “book sprint” qui a été organisé par l’Unité régionale de formation à l’information scientifique et technique (Urfist) de Bordeaux du 15 au 19 avril 2019.

L’ouvrageVers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques  est disponible en accès libre

Les auteurs, issus de différents domaines disciplinaires, ont rédigé tous les contenus et conçu la table des matières ex nihilo. L’équipe d’auteurs a été constituée spécialement pour le book sprint.

Le book sprint est un mode de rédaction collaboratif, pas seulement collectif. La notion de premier auteur n’existe pas.

• Loïc Desquilbet, professeur en biostatistique et en épidémiologie clinique à l’école nationale vétérinaire d’Alfort
• Boris Hejblum, maître de conférence en biostatistique à l’ISPED à l’Université de Bordeaux, rattaché à l’équipe SITSM dans le centre Inserm U1219 Bordeaux Population Health et Inria Bordeaux Sud-Ouest
• Arnaud Legrand, chercheur dans le domaine de l’évaluation (simulation, observation, statistiques, analyse de traces) et l’optimisation de performance de grandes infrastructures de calcul au Laboratoire d’informatique de Grenoble (LIG), pilote de l’équipe Polaris (Inria), co-pilote du Mooc “Recherche reproductible”
• Pascal Pernot, physico-chimiste et directeur de recherches au CNRS au Laboratoire de Chimie Physique à l’Université Paris-Sud
• Nicolas Rougier, chercheur en neurosciences computationnelles, membre de l’équipe Mnemosyne project (Inria)en association avec l’Institut des maladies neurodégénératives, le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, l’Université de Bordeaux et le CNRS.

En savoir plus sur les auteurs, découvrir les contributeurs

Début de la rédaction : lundi après-midi. Fin de la rédaction : jeudi soir. Travail post book sprint : révisions mineures, harmonisation des textes par le copy editor.

Facilitatrice : Elisa de Castro Guerra (FlossManuals Francophone, ActivDesign)

Coordinatrice du projet et copy editor : Sabrina Granger, conservateur des bibliothèques à l’Urfist de Bordeaux et co-pilote du collège « Compétences et formations » du Comité pour la science ouverte.

Le livre sera prochainement disponible également via l’archive ouverte HAL.

En savoir plus sur le projet

Publics cibles de l’ouvrage

Ce livre s’adresse à tout acteur de la recherche scientifique (chercheur.euse, personnel de soutien à la recherche) qui :

• se pose des questions sur la recherche reproductible ou
• souhaite améliorer ses pratiques.

Plusieurs rubriques illustrent les problématiques concrètes de la recherche reproductible.

Chaque chapitre propose une gamme de solutions, allant de la plus facile à mettre en œuvre à la plus technique.

Résumé

Pour un chercheur, il n’y a rien de plus frustrant que l’impossibilité de reproduire des résultats majeurs obtenus quelques mois auparavant. Les causes de ce type de déconvenues sont multiples et parfois pernicieuses. Ce phénomène participe à ce que certains identifient comme une “crise de la reproductibilité de la recherche”.

Cet ouvrage considère un ensemble de situations et de pratiques potentiellement dangereuses afin d’illustrer et de mettre en évidence les symptômes de la non-reproductibilité dans la recherche. À chaque fois, il propose un éventail de solutions allant de bonnes pratiques faciles et rapides à implémenter jusqu’à des outils plus techniques, tous gratuits et mis à l’épreuve par les auteurs eux-mêmes.

Dans ce livre rédigé lors d’un book sprint, étudiants, ingénieurs et chercheurs devraient trouver des moyens efficaces et à leur portée pour améliorer leurs pratiques de la recherche reproductible.

Mots clés : recherche reproductible ; transparence de la recherche ; science ouverte ; crise de la réplication ; open source ; open data ; data sharing ; réutilisation des données ; standardisation ; book sprint

 

Envie de contribuer?

En créant une « issue » via GitHub ou en contactant l’Urfist par mail (), il est possible de proposer des contenus, de poser des questions aux auteurs, tant sur les contenus que sur la méthode du book sprint. https://github.com/rr-france/bookrr

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Site web de l’Urfist